
No acervo os gêneros de maior ocorrência são Penicillium, Aspergillus e Trichoderma, isolados das mais diversas fontes tais como ar, solo, água, plantas, frutos, homem e outros animais. Todas as culturas estão identificadas ao nível de gênero e outras de espécie, pertencentes aos filos Zygomycota, Ascomycota e aos fungos anamórficos.

Além de receber depósitos, a CFAM atende a pedidos de fornecimento de culturas, isolamento e identificação de fungos, assim como treinamento de estudantes e profissionais na identificação de fungos. Estes pedidos são procedentes de instituições de ensino e/ou pesquisa, nacionais e internacionais.
A CFAM vem caracterizando as culturas estocadas quanto a aspectos biotecnológicos, tais como produção de enzimas de interesse industrial e antimicrobianos; e quanto às características morfológicas, através de projetos desenvolvidos por alunos de graduação e pós-graduação (mestrado e doutorado) do país.
A CFAM é filiada a World Federation for Culture Collections, World Federation for Culture Collections, WFCC, sob o registro WDCM 957.